使用劣质的空气加湿器，会令空气质量变得更差，从而使人患各种疾病。使用方法不当，会造成各种细菌的快速传播，对于家里有老人和小孩子的，对健康不利。电子辐射接触过多会存在隐患的，尽量远离人体。
超声波加湿器喷出的水雾是肉眼可见的、直径几微米的水珠颗粒，每个颗粒都是由上万个水分子组成，其中还含有大量水垢、细菌等杂质，随着水雾的喷出，水垢(俗称白粉)、细菌等污染物也被喷到了空气中，被人体吸入造成健康隐患。
不能直接将自来水加入加湿器。因为自来水中含有多种矿物质，会对加湿器的蒸发器造成损害，所含的水碱也会影响其使用寿命。
自来水中的氯原子和微生物有可能随水雾吹入空气中造成污染。如果自来水硬度较高，加湿器喷出的水雾中因含有钙镁离子，会产生白色粉末，污染室内空气。
空气加湿器用久了，内壁附着的黏性物质会滋生细菌，如果不及时清除，会使加湿的空气中细菌严重超标。