1、首先siRNA由于只有二十几个碱基对，相比DNA几千上万对碱基，小了许多。目前大多数转染试剂都针对比较大的质粒DNA，而非小的RNA分子。用于转染DNA的转染试剂和方法并不完全适用于转染siRNA。
2、其次，siRNA转染比DNA转染对转染试剂细胞毒性的要求严格。由于转染试剂对细胞的毒性往往是对众多基因直接地或间接地上调或下调的结果，这对于过量表达的DNA转染来说，一些实验的影响不大，但对于以研究基因干扰为主要目的的RNAi实验来说，就是致命的，因为细胞死亡和RNAi实验造成的结果在现象上是一致的，轻则影响实验数据，重则改变实验结果。siRNA实验首先要求选择适合转染小的RNA的高效转染试剂，其次要求转染试剂本身的细胞毒性很小。