1、游戏的核心玩法是航海冒险，本次航海日记2给玩家们设置的剧情主线是寻找传说中的长生不老药，一路向西，环游世界一周完成航海冒险。在体验主线剧情内容的过程中，玩家可以进行多种互动玩法，调查航海世界中的各种事件。游戏将时间划分为虚拟的明朝时期，但玩家的玩法自由度是很高的，在画面上以俯瞰的2d视角为主，角色可以学习各种技能，玩家可以自由塑造角色外观，选择喜好的武器种类，游戏不会强制干涉。
2、在冒险打怪方面分为陆地战和海战。在陆战过程中主要依赖于玩家学习的技能，打造一把好武器来降低挑战的难度，击败旅途上的各种敌人，并且游戏设置了多种探索玩法，要求玩家寻找遗迹，宝藏等物品，探索游戏中隐藏的奖励要素。角色的技能设计十分丰富，根据玩家的武器种类可以分为近战和远程，各有优劣。
3、在海战部分，玩家的主要战斗模式分为两部分，一个是玩家单人对抗敌方的个人模式，一个是玩家组队迎敌。因此在海战方面的交互性玩法是有一定保障的。在玩家航行时，玩家在靠近了敌方船只后就可以选择主动宣战来发起进攻，胜利之后可以获取一些物资奖励。同时船只也可以学习专用的技能，给海战增添更多变数。
4、游戏也结合了航海贸易的特点，玩家的物品交易并不是一成不变的，会根据玩家售卖物资和各种世界事件对物品的价格变动产生影响，因此玩家利用此点堆积物资高买低卖，快速赚钱成为大商人的可能也存在着。并且由于该系统是公用状态，玩家还可以购买其他玩家售卖的物资，因此交易的趣味性大大增加。
