急性扁桃体炎的主要致病菌是乙型溶血性链球菌，它侵入人体后导致扁桃体发炎。咽部和扁桃体内平时也会藏着致病菌，当人体抵抗力下降的时候，致病菌会大量繁殖导致发病。急性扁桃体炎反复发作的话容易形芤晟踔肿成慢性的扁桃体炎。