益生菌可以产生有机酸、游离脂肪酸、过氧化氢、细菌素等，以抑制其他有害菌的生长；通过“生物夺氧”使需氧型致病菌大幅下降。益生菌能定植于粘膜、皮肤等表面或细胞之间形成生物屏障，这些屏障可以阻止病原微生物的定植，发挥着占位、争夺营养、互利共生或拮抗作用，并可刺激人体的非特异性免疫功能，提高自然杀伤细胞的活性，增强肠道免疫球蛋白A的分泌，改善肠道的屏障功能。
人体的细菌都是外来性的，且数量庞大，每天补充一定数量的益生菌可使肠道好菌占优势，从而抑制肠道有害菌的生长，有益于肠道健康，还会让宝宝肠道中益生菌数量占优势，以增强肠道功能及免疫力，促进健康成长。