他还没造反时,画像就被画在凌烟阁里了，当他反后了，他在凌烟阁的画像也要被削去。但太宗大帝不忍完全革去他的功劳，才停止削掉他的画像，但侯君集的画像还是被削掉一半。
在古代谋反是大罪，轻则满门抄斩，重则诛灭九族，可李世民还是比较仁慈，他认为侯君集对江山社稷有功，就说平定高昌国这一大功，便不想让他断了香火，于是并没有杀他的夫人和儿子，不过在李世民心里，对于这些功臣还是长了个疙瘩。
故事评价
侯君集死后，李世民便不再进入凌烟阁了，李世民继位之后，为了表彰那些有功大臣，在凌烟阁设立了二十四功臣像，李世民偶尔回到这里看看，以怀念这些功臣们的事迹，但侯君集死后，他再没踏入凌烟阁一步，或许他觉得这些功臣，对自己也并非忠心耿耿吧。
从侯君集谋反的故事，以及后来李世民不再进入凌烟阁，可见中国古代君臣之间，并没有能真正完全信任，虽说伴君如伴虎，做臣子很难，但做皇帝同样也不是件简单的事啊。