1、微生物菌剂施用时间一般为清晨或者阴天。微生物菌剂中的芽孢杆菌不能在阳光下直射，会使其繁殖、代谢等活动受到影响，甚至会是去活性，一定要避免在炎热高温的天气使用。
2、微生物菌剂对土壤条件要求比较严格，像土壤水分含量、有机质含量、以及pH值的大小都会影响其作用的发挥。一般菌适宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用后应立即浇透水，菌肥和有机肥混合施用，可以显著提高土壤中有机质的含量。
3、微生物菌剂不应该长期放置，应该随用随买；使用前应该存放阴凉干燥、通风处，避免受热、受潮以及阳光直射；肥料开口后应一次用完，否则会导致其他菌进入，污染肥料中的菌。
4、微生物菌剂不要与能够杀死有益菌的物质一同使用，菌剂因为里边含有大量的有益活菌，所以严禁与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些农药或者肥料中的物质会很容易造成菌的失活，导致其失去效果。如果要施用的话，应最少间隔48小时后再用。
5、微生物菌剂不能随意混合化肥施用。虽然菌可以与化肥、有机肥等混合施用，但是这并不意味着可以随意混合。当化肥中氮磷钾等元素的总含量超过7%时就会在很大程度上抑制菌的活性。所以化肥与菌肥混用时，我们建议随用随混。如果菌肥中的菌种对化肥有很好的耐受性，可以混合施用。
