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mtDNA的PCR扩增与测序方法

时间:2024-10-15 20:58:12

1、首先,根据Ma水瑞侮瑜buchi等'报道的鱼类通用引物扩增mtDNA部分序列,剩余基因序列通过引物步移脲摩喜清得到。反应模板DNA约为100ng,25μL反应体系包括:ExTaq酶0.25μL(2U),10xExTaqBuffer2.5μL,dNTPs1μL(各2.5mmol/L),引物各0.5μL(20umol/L)。

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3、然后,扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测,PCR产物由上海生工生物技术服务有限公司纯化,用ABI3770XL自动测序仪进行Sanger法双向测序。

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5、然后,将所有片段拼接成一个完整的mtDNA,辅以人工校正。用Editseq7.10和Mega5.0统计序列总长、碱基组成和AT含量等信息;用在线软件tRNAscan-SE1.2112进行tRNA基因定位并对二级结构进行预测,并辅助人工校正,对于tRNAscan-SE1.21未能预测的tRNA。

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