1、自主神经功能失调：约40％的胃食管反流病患者的自主神经功能异常。自主神经功能受损可导致食管清除功能和胃排空功能延缓。
2、理因素：对只有烧心症状患者的问卷调查表明，60％的患者认为应激是致病的主要因素，因此推测心理因素在本病中起着一定的作用。对矛瑾搴痪胃食管反流病的患者进行放松训练，不但反酸的症状明显减轻，而且食管酸暴露的时间也缩短；而患者的焦虑、抑郁、强迫症等发生率，与健康对照组比较显着升高。
3、幽门螺杆菌：两者之间的关系尚有争议，多数研究支持幽门螺杆菌感染可降低食管炎的发生率，提出该菌可能具有保护作用。可能机制主要有以下两方面：幽门螺杆菌可提高食管下段噢谙坟吕括约肌的压力；胃窦部感染可致血清胃泌素升高，而根除后胃泌素浓度降低，胃泌素具有升高括约肌压力的作用；幽门螺杆菌可降低胃内酸度，其产生的尿素酶分解尿素产生氨，氨中和胃酸，胃内pH值升高，胃蛋白酶原激活减少，反流物对食管损伤作用减弱。