区别在于：定义性不同、计算方式不同、收取方式不同。
1、定义性不同：扣除率为增值税计征中法定扣除项目金额与产品课税金额之间的比例；增值税税率为增值税应税产品的总体税额与销售收入额的比例。
2、计算方式不同：扣除率主要反映课税金额中扣除项目金额的比重，其计算公式为：扣除率=法定扣除项目金额/产品课税金额*100%；增值税实行产品比例税率，分为8%，12%、14%、16%、18%、20%、21%、23%、26%、30%、43%、45%12个档次。
3、收取方式不同：增值税扣除率按取得收入减除规定扣除项目金额后的增值额，缴纳土地增值税；增值税实行凭增值税专用发票抵扣税款的制度，对纳税人的会计核算水平要求较高，要求能够准确核算销项税额、进项税额和应纳税额。
参考资料来源：百度百科-扣除率
参考资料来源：百度百科-增值税税率