1、指令架构不同：
x86服务器使用CISC（复杂指令集）。小型机是指采用精简指令集。大型机使用专用的处理器指令集。
2、性能不同：
x86服务器兼容性好、稳定性较差、安全性不算太高。小型机的高RAS（Reliability, Availability, Serviceability 高可靠性、高可用性、高服务性）特性。大型主机在MIPS(每秒百万指令数)已经不及微型计算机，但是它的I/O能力、非数值计算能力、稳定性、安全性却是微型计算机所望尘莫及的。
3、应用领域不同：
x86服务器主要用在中小企业和非关键业务中。
小型机习惯上用来指UNIX服务器。1971年贝尔实验室发布多任务多用户操作系统UNIX，随后被一些商业公司采用，成为后来服务器的主流操作系统。该服务器类型主要用于金融证券和交通等对业务的单点运行具有高可靠性的行业应用。
大型主机主要用于商业领域，如银行和电信，而超级计算机用于尖端科学领域,特别是国防领域。
参考资料来源：百度百科-x86服务器
参考资料来源：百度百科-小型机
参考资料来源：百度百科-大型机