区别如下：
1.权利不同
设权证券是指证券所代表的权利本来不存在，而是随着证券的制作而产生，即权利的发生是以证券的制作和存在为条件的。证权证券是指证券是权利的一种物化的外在形式，它是作为权利的载体，权利是已经存在的。
2.性质不同
设权证券是体现票据在使用过程中所具有的特点的另一名称。票据的权利义务，由票据的设立而产生。证权证券是权利的载体。
3.范围不同
设权证券是与“证权证券”相对而言。有价证券中的提单、仓单、记名股票等，属于证权证券，如提单证明由运输合同所发生的物品返还请求权。证权证券的本质是证明债权债务关系的证书，在债务债权关系建立时所投入的资金已被债务人占用，债券是实际运用的真实资本的证书。债券证明了债权人的权利。
参考资料来源：百度百科--设权证券
参考资料来源：百度百科--证权证券