钱是在过户办手续的时候付的。当购买的农村房屋有房产证后，就需要向国土部门提出过户申请了。具体的过户手续如下：
1、去乡镇国土所提出申请。
2、提交相关材料。
3、当地国土所根据申请人提供的权属资料进行审查。
4、实地进行勘丈、调查、公告。
5、报国土局审核，注册登记。
6、发证。
领取新的不动产权证：
（1）待申请人交清税费并领取契税完税证后，需要拿着契税完税证在当地土管部门办理国土证，办理国土证后，可凭契税完税证到当地房管部门领取新的不动产权证，领取新的不动产权证一般需要20个工作日。
（2）待新的不动产权证领取好后，购房者可以凭证到物业进行交接手续，主要是水、电、煤气等的过户手续。